Ha jugado 242 partidos con la camiseta azul, siendo uno de los referentes del actual plantel (Photosport).
Johnny Herrera se ha transformado en uno de los líderes del actual plantel de Universidad de Chile y uno de los mejores arqueros nacionales, que lo tienen siendo convocado permanentemente a la Selección Nacional. El portero ha sido también pilar fundamental en el esquema de Martín Lasarte y es el titular indiscutido, teniendo la totalidad de minutos en cancha del actual campeonato.
Herrera ha jugado 18 temporadas con la “U” en el pecho, en las temporadas 1999, 2001, 2002 (Apertura y Clausura), 2003 (Apertura y Clausura), 2004 (Apertura y Clausura), 2005 (Apertura y Clausura), 2011 (Apertura y Clausura), 2012 (Apertura y Clausura), 2013 (Apertura y Transición) y 2014 (Clausura y Apertura). Además, vistió las camisetas del Corinthians de Brasil (2006), de Everton (2007-2008) y Audax Italiano (2008-2010).
Lleva un total de 242 partidos jugados con los azules, 93 de ellos se han quedado con el triunfo, 56 empates y 48 partidos perdidos, recibiendo 281 goles y siendo expulsado en 3 ocasiones en encuentros válidos por torneos de Primera División. Ha conseguido en 4 ocasiones levantar la copa con Universidad de Chile (2004 AP, 2011 AP y CL y 2012 AP), participando además del tricampeonato y de la obtención de la Copa Sudamericana.
